Stats for Non-strand Specific RNA-Seq Assembly for P. adspersus

srlab@emu:~/Documents/marco/trinity_out_dir$ /home/shared/trinityrnaseq-Trinity-v2.4.0/util/TrinityStats.pl ~/Documents/owl/scaphapoda/marco/Trinity.fasta
################################
## Counts of transcripts, etc.
################################
Total trinity ‘genes’: 103033
Total trinity transcripts: 201668
Percent GC: 45.95

########################################
Stats based on ALL transcript contigs:
########################################

Contig N10: 5975
Contig N20: 4700
Contig N30: 3922
Contig N40: 3320
Contig N50: 2792

Median contig length: 789
Average contig: 1466.72
Total assembled bases: 295789732
#####################################################
## Stats based on ONLY LONGEST ISOFORM per ‘GENE’:
#####################################################

Contig N10: 5871
Contig N20: 4550
Contig N30: 3702
Contig N40: 3023
Contig N50: 2399

Median contig length: 368
Average contig: 948.35
Total assembled bases: 97711208

Advertisements